Bayern terutama dipimpin oleh pemain mantan klub.

Club President – Uli Hoeness. Dia berada di kantor, sebelumnya General Manager klub sejak 1979. Karl-Heinz Rummenigge adalah Ketua Dewan Eksekutif hipertensi. [76], sembilan Dewan Pengawas terdiri terutama dari eksekutif perusahaan besar di Jerman. Mereka adalah Herbert Hainer (CEO adidas), Uli Hoeness, Timotius Hettges, Helmut Markwort, Dieter Rampl, Fritz Scherer, Rupert Stadler, Edmund Stoiber, Martin Winterkorn. [77]

Setelah mencatat penerimaan € 328.400.000 tahun 2007/2008 dan laba setelah pajak sebesar € 2,1 juta,

melaporkan pendapatan dari Bavaria € 303.800.000 dan 2,5 juta euro dalam keuntungan 2008/09. [70] Menurut Deloitte Football Money League terbaru, Bayern adalah klub terkaya keempat di dunia pada tahun 2009, pendapatan € 289.500.000.